临床医学专业于2009年招收第一批学生，从最初30人的招生规模到2020年招生人数180人。临床医学专业致力于学科建设，提升教学质量，于2014年获批临床医学专业硕士点，2016年完成教育部临床医学专业认证，2017年收录入世界医学院校名录（WFMEANDFAIMER），并于同年进入ESI学科世界排名前1%，2018年收录入ECFMG院校名册，2019年获批广东省一流本科专业建设点立项。
医学部的办学定位秉承“慈心仁术，深医精诚”的部训，立足深圳、面向全国，培养具备国际化视野、扎实医学基础知识、熟练掌握临床基本技能，有较好的职业与人文素养、较强实践能力和科研水平的创新型临床人才。
专业学制：五年
授予学位：医学学士
就业方向：从事临床医疗、教学或科研工作等，从事医疗机构，医学教育和医学科研单位等医学部5届150名临床医学专业本科毕业生中有103名学生赴国外、国内医学院校攻读硕士/博士学位，占毕业学生68.7%。升学院校包括北京协和医学院、北京大学、复旦大学、中山大学、同济大学等国内顶尖大学附属医院，留在深圳大学继续深造和深圳工作的学生占到55.7%。4届毕业生参加国家执业医师资格考试平均通过率达88.7%，高于全国平均水平10%以上，位居全国医学院校前列。
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